어비스 다운로드

Abyss 웹 서버는 HTML 형식으로 전체 설명서와 함께 패키지됩니다. Aprelium은 다른 여러 형식 (PDF, 온라인 HTML 및 패키지 HTML)에서도 사용할 수 있습니다. 자세한 내용은 설명서 섹션으로 이동하십시오. 최신 버전은 심연 웹 서버 X1 (버전 2.12.1) Aprelium 은 심연 웹 서버에 대한 무료 무제한 기술 지원을 제공합니다. 자세한 내용은 도움말 및 지원을 찾아보십시오. MPI 지원을 사용하여 병렬 어셈블러를 구축하려는 경우 MPI는 /usr/include 및 /usr/lib 또는 구성하도록 지정된 위치에서 찾아야 합니다: 스트랜드 별 RNA-Seq 라이브러리는 결과 unitigs, contigs 및 스캐폴드가 시퀀스된 원래 의 전사체와 관련하여 올바르게 방향이 지정되도록 조립될 수 있습니다. 가닥별 모드에서 ABySS를 실행하려면 SS 매개 변수를 다음 예제와 같이 사용해야 합니다. 이러한 스캐폴드는 ${name}-long-scaffs.fa 파일에 저장됩니다. 다음은 PET, MPET 및 RNA-Seq 어셈블리를 가진 어셈블리의 예입니다. 라이브러리의 이름은 임의입니다. ABySS는 병렬화를 위해 OpenMP를 사용하며 GCC 4.2 이상과 같은 최신 컴파일러가 필요합니다. 이전 컴파일러가 있는 경우 가능하면 컴파일러를 업그레이드하는 것이 가장 좋습니다.

여러 버전의 GCC가 설치된 경우 다른 컴파일러를 지정할 수 있습니다. 예를 들어, 종의 데이터를 내보내려면 `Ecoli`, 변형 `O121` 및 라이브러리 `완두콩`을 SQLite 데이터베이스 저장소에 `/abyss/test.sqlite`라고 명명: GitHub 소스에서 ABySS를 설치할 때 다음과 같은 도구가 필요합니다: 장거리 메이트-페어 라이브러리는 어셈블리를 스캐폴딩하는 데 사용될 수 있습니다. 매개변수 mp를 사용하여 메이트 쌍 라이브러리의 이름을 지정합니다. 스캐폴드는 ${name}-scaffolds.fa 파일에 저장됩니다. 다음은 두 개의 페어링된 끝 라이브러리와 두 개의 메이트 쌍 라이브러리로 데이터 집합을 어셈블하는 예제입니다. 라이브러리의 이름(완두콩, 페브, mpa, mpb)은 임의적입니다. ABySS를 실행하려면 해당 실행 파일을 PATH에서 찾을 수 있습니다. /opt/abyss에 ABySS를 설치한 경우 PATH에 /opt/abyss/bin을 추가합니다: 페어링된 최종 조립 단계는 다중 스레드이지만 단일 컴퓨터에서 실행되어야 합니다. 사용할 스레드 수를 매개 변수 j로 지정할 수 있습니다.

j의 기본값은 np값입니다. 전사체 어셈블리와 관련된 질문은 트랜스-ABySS 메일링 리스트에 문의하여 trans-abyss@googlegroups.com. brew 설치 brewsci/바이오/아크 brewsci/bio/links-scaffolder ABySS 2.0: 블룸 필터를 사용 하 여 큰 게놈의 자원 효율적인 조립. 잭맨 SD, 밴더발크 BP, 모하마드 H, 추 J, 여 S, 해먼드 SA, 자헤쉬 G, 칸 H, 쿰베 L, 워렌 RL, 비롤 I. 게놈 연구, 2017 27: 768-777. (게놈 연구, 펍메드) 각 라이브러리의 조각 크기의 분포는 단일 엔드 어셈블러에 의해 생성된 컨티너스에 페어링된 읽기를 정렬하여 경험적으로 계산되며, 분포는 ecoli-3.hist와 같은 확장자 .hist가 있는 파일에 저장됩니다. 단일 엔드 어셈블리의 N50은 정확한 경험적 분포를 얻기 위해 조각 크기보다 잘 되어야 합니다. 재미있고 가치 있는 도전을 찾고 계신가요? 이 프로젝트에 코드를 기여할 수 있다고 생각하십니까? 개발자 팀에 합류하세요! 우리는 현재 C ++ 생물 정보학 프로그래머를 찾고 있습니다.